公司主要产品是“皖垦”牌小麦种子、常规水稻种子、杂交玉米种子及大豆种子，拥有32个自有审定品种，55个品种生产经营权。销售区域遍布安徽、河南、江苏及湖北等黄淮海地区和长江中下游地区，年销售各类作物种粮产品约1亿公斤。
公司积极整合系统内育种资源，着力做实安徽皖垦生物工程研究院。2016年，牵头组建了国家级皖垦水稻、小麦科企联合体。2019年，公司在国家级和省级区生产试验以及科企联合体参试的品系超过50个。公司现有小麦、水稻、玉米等国审品种3个，省审品种29个。

第二届全国优质稻品种食味品质鉴评（粳稻）金奖 全国农业植物新品种保护先进集体称号 中国种业信用骨干企业 安徽省优质食味品质粳稻品种